今天是
栏目导航
当前位置:首页 >> 开发文档 >> 解决方案

数据导入之旗云系统解决方案

发布时间:2012-5-11 | 浏览次数:   | 字体大小:     

发布作者:七人行(9805273@qq.com
发布日期:2012-5-9

概述:

WHONET软件是WHO开发并推荐的用于管理细菌实验结果和数据分析的软件,它能方便快捷地对本医院或本地区的细菌耐药性监测数据进行诸多的统计分析,并通过数据库的交换,能促进不同医院或不同地区间的细菌耐药性监测工作的协作。但WHONET数据的录入对于信息量比较大的实验室来说往往是个瓶颈,目前最成熟的方案就是通过BacLink软件将数据转换成WHONET数据库。
ATB及VITEK捆绑的旗云系统在各级医院的实验室里有广泛的市场,它的数据导出需经过 “旗云系统的药敏数据导出”和“BacLink数据转换成WHONET数据库”两步骤,数据导出步骤需开发相应的软件来解决,而数据转换步骤需进行复杂的设置和代码的输入。

 

解决方案

本解决方案的目是指导相关人员对旗云系统数据导出软件的开发和BacLink参数的设置。
本解决方案的内容包括4个部分:
1. 旗云数据库剖析
2. 数据导出格式及注意事项
3. BacLink设置
4. 附旗云(ATB版)代码

 

第一部分:旗云数据库剖析


旗云数据库为Access格式的数据库,文件名为:MicroData。
本解决方案涉及的表有:

表名

内容

涉及到的字段

ResultBill

患者信息

ReqNo(报告单编号)、RecDate(接收时间)、SamNo(标本编号)、SamTNo(标本种类代码)、BirDate(患者出生日期)、PName(患者姓名)、PatNo(病员号)、PSex(性别)、PAge(年龄)、AgeUnit(年龄单位)、PBed(床号)、DisNo(科室)。

ResultExe

细菌信息

ReqNo(报告单编号)、ExeNo(卡片编号)、MicName(细菌名称)

ResultMIC

药敏结果

ReqNo(报告单编号)、ExeNo(卡片编号)、AntiName(抗生素名称)、MicResult(药敏结果:MIC值)、MicExplain(药敏结果:解释结果)

District

科室字典

DisNo(科室编码)和DName(科室名称)

SamType

标本种类字典

SamTNo(标本种类编码)和SamName(标本种类名称)

五个表之间的关系如示意图

 

第二部分:数据导出格式及注意事项


 数据导出时,应如上示意图,根据ResultBill表中的ReqNo字段读取ResultExe表中的细菌信息,再根据ResultExe表中的ReqNo和ExeNo字段读取ResultMIC中的药敏信息。

同时,根据ResultBill表中的SamTNo字段,读取SamType表中的标本种类名称;根据ResultBill表中的DisNo字段,读取SamType表中的科室名称。

生成数据文件时,每一条药敏信息,存为一行。每一行里,都需包括病人信息和细菌信息。数据字段之间,用“|”符号分隔。数据文件的第一行有数据字段名。示意图如下:

标本编号|标本日期|标本种类|病员号|姓名|性别|生日|年龄|病区|细菌名称|抗生素编号|抗生素名称|药敏类型|药敏结果
1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌|PEN|青霉素|MIC|R
1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌|TSU|复方新诺明|MIC|S
1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌菌|GEN|庆大霉素|MIC|R
1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌|ERY|红霉素|MIC|R
1204010107|2012-4-16|尿液|256474|赵一|男||50|内分泌|大肠埃希菌|AMO|阿莫西林|MIC|R|
1204010107|2012-4-16|尿液|256474|赵一|男||50|内分泌|大肠埃希菌|AMC|阿莫西林/克拉维酸|MIC|I
1204010107|2012-4-16|尿液|256474|赵一|男||50|内分泌|大肠埃希菌|PIC|哌拉西林|MIC|R|
1204010096|2012-4-16|血液|167564|李三|女|1976-7-9||消化内科|阴沟肠杆菌|AMO|阿莫西林|MIC|R
1204010096|2012-4-16|血液|167564|李三|女|1976-7-9||消化内科|阴沟肠杆菌|AMC|阿莫西林/克拉维酸|MIC|R

生成数据文件时的注意事项:

连续保存的相同患者信息和细菌信息的不同药敏,才会被BacLink转换成一条记录(一个菌株),如果不是连续保存的,当是穿插有其它细菌的药敏信息,那会被转换成多条记录。

导出字段PAge(年龄)时,需参考AgeUnit(年龄单位)的值:0代表“岁”、1代表“小时”用“h”标记、2代表“天”用“d”标记、3代表“月”用“m”标记。比如患者年龄为25岁,则导出的值应为“25”;如患者年龄是25天,则导出的值应为“25d”;如患者年龄是“12小时”,则导出的值为“12h”;以次类推。如果导出的值直接为“25天”,那BacLink会认为是“25”。

如果字段BirDate(患者出生日期)有数值,那BacLink进行数据转换时,患者的年龄将根据“生日”和“标本日期”来计算。

 

第三部分:BacLink设置


使用BacLink可以将上面生成的数据文件转换成WHONET数据库,下面将描述一下BacLink的设置:

启动BacLink后,点击“新格式”按钮,打开“文件格式”窗口。在此窗口内设置“国家”、“实验室名称”和“实验室代码”,这与WHONET的实验室设置一致。然后点击“文件结构”按钮,在打开的窗口里进行设置,如图:

然后,点击“抗生素”按钮,在打开的窗口里进行设置:

设置 内容
你的文件包括抗生素结果吗?
指南 CLSI
一株菌的抗生素需要多少数据行 多于一行
抗生素以何种顺序出现? 可变抗生素顺序
数据文件含哪些试验方法? 纸片扩散法、MIC
一行数据显示多少不同的试验方法 一种方法
数据文件的第一行有数据字段吗?

最后,点击“数据字段”按钮,在打开的窗口,进行导出数据文件中各字段和WHONET字段对照关系的设置。在此窗口,点击“选择标本数据文件”,选择一个数据文件后,如图,依次将左边的WHONET字段与右边的待导入数据字段点击选择后,再点击中间的“=”按,将它们关联起来,如下图。最后,点击确认保存。

在本解决方案的附件中,提供了一个已做好配置的BacLink配置文件,文件名为:

FirstWhonet(ATB旗云数据).cfg

把该文件复制至WHONET安装目录下,打开BacLink时,就会显示有名为“FirstSoft之ATB旗云数据导入”的文件格式。该格式文件可直接使用。

 

第四部分:附旗云(ATB版)代码


在附件中,同时提供了旗云ATB的抗生素代码库、细菌代码库和标本种类代码库,文件名分别为:

CodeDict_Antibiotic_FirstWhonet_ATBQiYun.txt

CodeDict_Organism_FirstWhonet_ATBQiYun.txt

CodeDict_Specimen_FirstWhonet_ATBQiYun.txt

把此三文件复制至WHONET安装目录下,运行BacLink做数据转换时,则不需要另外输入代码。

如果采用本解决方案提供的“FirstSoft之ATB旗云数据导入”文件格式转换数据,则不需要做任何设置。

如果采用自己的配置文件,则需在BacLink的文件格式栏点击“编辑格式”,在打开的窗口里,再点击“代码和日期”按钮,在随后打开的窗口中,把标本类型代码库、细菌代码库和抗生素代码库分别设置为本附件提供的三个文件就行了。

 

附三个代码的内容:

抗生素代码 :

WHONET5 Antibiotic Code Local Antibiotic Code Antibiotic Name
AMK30 阿米卡星 阿米卡星 (CLSI,EUCAST-30ug)
FCT1 5-氟胞嘧啶 5-氟胞嘧啶 (CLSI,NEO-1ug)
AMX25 阿莫西林 阿莫西林 (CLSI,SFM-25ug)
AMX25 阿莫西林(肺炎链球菌) 阿莫西林 (CLSI,SFM-25ug)
AMC20 阿莫西林/克拉维酸 阿莫西林/克拉维酸 (CLSI,EUCAST-20/10ug)
AMP10 氨苄西林 氨苄西林 (CLSI,EUCAST-10ug)
AMP10 氨苄西林(肠球菌) 氨苄西林 (CLSI,EUCAST-10ug)
SAM10 氨苄西林/舒巴坦 氨苄西林/舒巴坦 (CLSI,EUCAST-10/10ug)
OXA1 苯唑西林 苯唑西林 (CLSI,EUCAST-1ug)
OXA1 苯唑西林(凝固酶阴性) 苯唑西林 (CLSI,EUCAST-1ug)
POL300 多粘菌素 E 多粘菌素B (CLSI-300units)
FUS10 夫西地酸 夫西地酸 (EUCAST-10ug)
NIT300 呋喃妥因 呋喃妥因 (CLSI,SFM-300ug)
VOR1 伏力康唑 伏立康唑 (CLSI-1ug)
FLU25 氟康唑 氟康唑 (CLSI-25ug)
SXT1.2 复方新诺明 复方新诺明 (CLSI,EUCAST-1.25/23.75ug)
ERY15 红霉素 红霉素 (CLSI,EUCAST-15ug)
CIP5 环丙沙星 环丙沙星 (CLSI,EUCAST-5ug)
CLI2 克林霉素 克林霉素 (CLSI,EUCAST-2ug)
QDA15 喹奴普汀/达福普汀 奎奴普丁/达福普汀 (CLSI,EUCAST-15ug)
RIF5 利福平 利福平 (CLSI,EUCAST-5ug)
RIF5 利福平 2 利福平 (CLSI,EUCAST-5ug)
STH300 链霉素(高浓度 ) 高浓度链霉素 (CLSI-300ug)
AMB10 两性霉素 B 两性霉素B (NEO-10ug)
CHL30 氯霉素 氯霉素 (CLSI,EUCAST-30ug)
MEM10 美洛培南 美洛培南 (CLSI,EUCAST-10ug)
MNO30 米诺环素 米诺环素 (CLSI,EUCAST-30ug)
NET30 奈替米星 奈替米星 (CLSI,SFM,SRGA-30ug)
NOR10 诺氟沙星 诺氟沙星 (CLSI,EUCAST-10ug)
PIP100 哌拉西林 哌拉西林 (CLSI-100ug)
TZP100 哌拉西林/他唑巴坦 哌拉西林/他唑巴坦 (CLSI-100/10ug)
PEN10 青霉素 青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
PEN10 青霉素(肠球菌) 青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
PEN10 青霉素(肺炎链球菌) 青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
PEN10 青霉素(链球菌) 青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
GEN10 庆大霉素 庆大霉素 (CLSI,EUCAST-10ug)
GEH120 庆大霉素(高浓度) 高浓度庆大霉素 (CLSI-120ug)
TCY30 四环素 四环素 (CLSI,EUCAST-30ug)
TIC75 替卡西林 替卡西林 (CLSI,EUCAST-75ug)
TEC30 替考拉宁 替考拉宁 (CLSI,EUCAST-30ug)
TCC75 替卡西林/克拉维酸 替卡西林/克拉维酸 (CLSI,EUCAST-75/10-15ug)
FEP30 头孢吡肟 头孢吡肟 (CLSI,EUCAST-30ug)
CXM30 头孢呋辛 头孢呋辛 (CLSI,EUCAST-30ug)
CEC30 头孢克洛 头孢克洛 (CLSI,EUCAST-30ug)
CEP30 头孢噻吩 头孢噻吩 (CLSI,EUCAST-30ug)
CTX30 头孢噻肟 头孢噻肟 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
CTX30 头孢噻肟(肺炎链球菌) 头孢噻肟 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
CTX30 头孢噻肟(链球菌) 头孢噻肟 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
CAZ30 头孢他啶 头孢他啶 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
FOX30 头孢西丁 头孢西丁 (CLSI,EUCAST-30ug)
TOB10 妥布霉素 妥布霉素 (CLSI,EUCAST-10ug)
VAN30 万古霉素 万古霉素 (CLSI,AFA,SFM-30ug)
IPM10 亚胺培南 亚胺培南 (CLSI,EUCAST-10ug)
OFX5 氧氟沙星 2 氧氟沙星 (CLSI,EUCAST-5ug)
LVX5 左氧氟沙星 左旋氧氟沙星 (CLSI,EUCAST-5ug)
ITR8 依曲康唑 伊曲康唑 (CLSI,NEO-8ug)

细菌代码:

WHONET Organism Code Local Organism Code Organism Name
cal 白假丝酵母 白色念珠菌
aba 鲍氏不动杆菌 鲍曼不动杆菌
sep 表皮葡萄球菌 1 表皮葡萄球菌
sep 表皮葡萄球菌 2 表皮葡萄球菌
cbk 布氏柠檬酸杆菌 布拉克柠檬酸杆菌
eae 产气肠杆菌 产气肠杆菌
kox 产酸克雷伯菌 产酸克雷伯菌
eco 大肠埃希菌 1 大肠埃希菌
ppu 恶臭假单胞菌 恶臭假单胞菌
kpn 肺炎克雷伯菌肺炎亚种 肺炎克雷伯菌肺炎亚种
spn 肺炎链球菌 肺炎链球菌
cfr 弗氏柠檬酸杆菌 弗劳地柠檬酸杆菌
spf 腐败希瓦菌群 腐败希瓦菌
hpi 副流感嗜血杆菌 副流感嗜血杆菌
cgl 光滑假丝酵母 光滑念珠菌
spy 化脓链球菌 化脓性链球菌
smt 缓症链球菌 缓症链球菌
smt 缓症链球菌 1 缓症链球菌
kor 解鸟氨酸拉乌尔菌 解鸟氨酸拉乌尔菌
sau 金黄色葡萄球菌 金黄色葡萄球菌金黄亚种
bca 卡它莫拉菌 卡它摩拉菌
sul 科氏葡萄球菌解脲亚种 科氏葡萄球菌解脲亚种
bce 蜡状芽孢杆菌 蜡样芽胞杆菌
hin 流感嗜血杆菌 流感嗜血杆菌
slu 路邓葡萄球菌 路邓葡萄球菌
gmo 麻疹孪生球菌 麻疹孪生球菌
mmo 摩根摩根菌摩根亚种 摩根摩根菌摩根亚种
axy 木糖氧化无色杆菌 木糖氧化无色杆菌木糖氧化亚种
eav 鸟肠球菌 鸟肠球菌
sb2 牛链球菌Ⅱ型 2 牛链球菌II型
pvu 普通变形杆菌群 普通变形杆菌
pmi 奇异变形杆菌 奇异变形杆菌
ctr 热带假丝酵母 热带念珠菌
oan 人苍白杆菌 人苍白杆菌
sho 人葡萄球菌 1 人葡萄球菌人亚种
gha 溶血孪生球菌 溶血孪生球菌
sal 沙门菌属 沙门菌属
sat 伤寒沙门菌 伤寒沙门菌血清型
sti 豕链球菌 豕链球菌
efm 屎肠球菌 屎肠球菌
efm 屎肠球菌 1 屎肠球菌
pma 嗜麦芽窄食单胞菌 1 嗜麦芽窄食单胞菌
mlu 滕黄微球菌 藤黄微球菌
pae 铜绿假单胞菌 铜绿假单胞菌
pae 铜绿假单胞菌 2 铜绿假单胞菌
sca 头状葡萄球菌 头状葡萄球菌头状亚种
ssa 唾液链球菌 唾液链球菌
cne 新生隐球酵母 新生隐球菌
pce 洋葱伯克霍尔德菌 洋葱伯克霍尔德菌
ecl 阴沟肠杆菌 阴沟肠杆菌阴沟亚种
pfl 荧光假单胞菌 2 荧光假单胞菌
sma 粘质沙雷菌 粘质沙雷菌粘质亚种
sep 表皮葡萄球菌 表皮葡萄球菌
eco 大肠埃希菌 大肠埃希菌
efa 粪肠球菌 粪肠球菌
shl 溶血葡萄球菌 溶血葡萄球菌
pae 铜绿假单胞菌 1 铜绿假单胞菌

标本种类代码:

WHONET Specimen Code WHONET Specimen Number Local Specimen Code Specimen Name
bi 19 胆汁 Bile? 胆汁
sp 3 Sputum? 唾液,痰
bl 12 血浆 Blood? 血
fn 30 穿刺液 Aspirate, fine-needle
wd 21 创面 Wound? 创伤口
ab 15 腹水 Abdominal fluid
ur 11 尿液 Urine
pf 64 胸水 Pleural fluid
bl 12 血清 Blood? 血
se 60 分泌物 Secretion
cc 95 股静脉管 Catheter, central
cc 95 深静脉导管 Catheter, central
th 2 咽拭 Throatgf
no 1 鼻腔 Nose
cc 95 插管 Catheter, central
fi 50 肠道瘘口 Fistula
ea 5 耳分泌物 Ear
ba 63 肺泡灌洗液 Broncho-alveolar lavage
st 41 粪便 Stool
gf 53 宫颈分泌物 Genital, female
bo 61 Bone? 骨
bm 62 骨髓 Bone marrow
jt 9 关节液 Joint
mu 43 肌肉 Muscle? 肌肉
sm 57 精液 Semen? 精液
cc 95 静脉管 Catheter, central
mo 7 Mouth? 口
ul 77 溃疡 Ulcer? 溃疡
ln 87 淋巴结 Lymph node
bn 37 Brain
sf 13 脑脊液 Cerebrospinal fluid? 脑脊液
ca 91 尿导管 Catheter
ca 91 尿管头 Catheter
ps 24 脓液 Pus? 脓
sk 8 皮肤 Skin? 皮肤
tr 26 气管导管 Tracheal
gm 52 前列腺液 Genital, male
bl 12 全血 Blood? 血
ul 77 褥疮分泌物 Ulcer? 溃疡
wd 21 伤口拭子 Wound? 创伤口
ki 81 Kidney
se 60 拭子 Secretion
gf 53 输卵管内容物 Genital, female
pl 54 胎盘 Placenta? 胎盘
di 92 透析液 Dialysis fluid
ga 16 胃管引流物 Gastric fluid
th 2 咽分泌物 Throat
ey 6 眼拭子 Eyes
va 34 阴道分泌物 Vagina
at 29 引流物 Aspirate
qc 99 质控 Quality control
ft 103 足分泌物 Foot
gf 53 白带 Genital, female

 

 

附件:
链接:
 上一篇:没有了!下一篇:没有了! 
评论:
评论加载中...
内容:
评论者: 验证码:
  
相关文件:
版权所有:WHONET中文网 关于我们 给我留言
QQ群:8014886 QQ:9805273,14955920 E-mail:XFLin@yqlab.com,whonet5@126.com
浙ICP备14043576号-2